Mimo dużego zainteresowania zakopiańskim okresem życia i twórczości Karola Szymanowskiego, historia willi „Atma” do 1930 r., a więc do momentu, gdy zamieszkał tu 24 października, jest mało znana i obfituje w wiele znaków zapytania. Obiekt ufundował w 1893 r. Józef Kaspruś Stoch, jeden z budowniczych pobliskiej „Koliby”, ściślej wykonawcy prac snycerskich i części mebli. Został on wzniesiony prawdopodobnie przez samego fundatora. Była to niemal typowa chałupa podhalańska, choć odkryta weranda od frontu i ganek w centralnej części wskazywały na turystyczne przeznaczenie obiektu.

 

Dzieje budynku związane są do okresu międzywojennego z rodziną Kasprusiów Stochów. W 1923 r. pierwszy raz gościł tu   z okazji wesela Zofii Walczakowej   Karol Szymanowski (1882 1937), jeden z najwybitniejszych kompozytorów polskich XX wieku, autor m.in. baletu Harnasie (1923 1931), inspirowanego podhalańską muzyką ludową.

Budynek został w latach 1925-1926 rozbudowany do obecnej formy architektonicznej i otrzymał nazwę „Atma”. Dnia 24 października 1930 r. wynajął willę Karol Szymanowski, który mieszkał tu i tworzył do 5 listopada 1935 r. Już w 1937 r. zrodził się pomysł utworzenia w „Atmie” Muzeum Szymanowskiego. 14 marca 1970 r. budynek został wpisany do rejestru zabytków (A 176 = A 1133/M), co było wstępem do starań o utworzenie Muzeum Karola Szymanowskiego. Pomysł ten udało się zrealizować dopiero w latach 70. XX w. po wykupieniu obiektu za pieniądze społeczne (1972), przeprowadzeniu remontu (1975) i zorganizowaniu ekspozycji (1976). 6 marca 1976 r. muzeum zostało otwarte jako oddział Muzeum Narodowego w Krakowie. 

Podczas remontu pozostawiono układ pomieszczeń niemal identyczny, jak za czasów, gdy mieszkał tu kompozytor. Wejście za-projektowano przez dawną kuchnię, w której urządzono szatnię i kasę. W pierwszym pokoju, w którym mieszkał Feliks Bednarczyk, prowadzący gospodarstwo Szymanowskiemu ukazywało związki kompozytora ze światem muzyki, natomiast drugi pokój, dawną sypialnię, poświęcono związkom twórcy Harnasiów z Zakopanem. Dawna jadalnia została wyposażona w meble wykonane w Szkole Przemysłu Drzewnego pod kierunkiem Karola Stryjeńskiego oraz nieliczne ocalałe pamiątki po Szymanowskim, m.in. portret z 1931 r. autorstwa Stanisława Ignacego Witkiewicza oraz maskę pośmiertną wykonaną przez szwajcarskiego rzeźbiarza Delerse’a. W czwar-tym pokoju odtworzono gabinet kompozytora z dwoma fotelami, pianinem oraz obrazami, m.in. Mai Berezowskiej i Zofii Stryjeńskiej.

Dnia 29 marca 2007 r. z okazji inauguracji Roku Karola Szymanowskiego do „Atmy” powróciły dwa portrety kompozytora autorstwa Stanisława Ignacego Witkiewicza: Karol Szymanowski z muszką z 1930 oraz Karol Szymanowski. Czerwone Wierchy z 1931), które do 1936 r. stanowiły część oryginalnego wyposażenia willi. Ostatni remont i zmianę ekspozycji przeprowadzono w latach 2012 2013 w ramach projektu artystycznego „Muzyka pod Tatrami”. W pokoju stołowym meble w stylu zakopiańskim zostały zastąpione modernistycznymi z lat 30. ubiegłego wieku, zgodnie z zachowanymi zdjęciami archiwalnymi. Najbardziej widoczną nowością jest wprowadzenie multimediów, które w sposób nowoczesny umożliwiają prezentację życia i twórczości Szymanowskiego. Zmodernizowano również ekspozycję w pracowni kompozytora.