Projekt kościoła w duchu eklektycznego historyzmu wykonał w 1876 r. warszawski architekt Józef Pius Dziekoński. Był to drugi projekt architekta warszawskiego, późniejszego twórcy wielu kościołów i innych obiektów. Dokumentację sfinansował i ofiarował parafii dr Tytus Chałubiński. Budowę rozpoczęto 12 sierpnia 1877 r. Prace murowe, pod kierunkiem majstra Uznańskiego, rozpoczęto w październiku. Z powodu trudności finansowych budowa przebiegała bardzo wolno. Do 1880 r. wykonano fundamenty, przez następne trzynaście lat wznoszono ściany. Po śmierci księdza Stolarczyka w 1893 r., budowę kontynuował ks. Kazimierz Kaszelewski. Ostatecznie ukończono ją w 1896 r.

 

Pomysł ufundowania ołtarza św. Jana Chrzciciela w stylu zakopiańskim zrodził się podczas poświęce-nia… „Koliby” w lipcu 1894 r. Relację z tej uroczystości zamieścił korespondent „Słowa”, w której można było przeczytać m.in.:

Z poświęceniem „Koleby” (tak nazywa się górski szałas w podhalańskiej gwarze), połączoną została inna rodzinna uroczystość: zaręczyny pani Janiny Lewandowskiej, córki Władysława, właściciela miast Chodor-kowa i Wasylowa w gub. kijowskiej i Oktawii z Gnatowskich, z p. Antonim Helclem, współwłaścicielem Rzę-dowic w gub. kieleckiej. Po uroczystym nabożeństwie i poświeceniu domu, pobłogosławił serdecznemi słowy młodym wuj narzeczonej, ks. prałat Jan Gnatowski, a tegoż dnia przysłane im zostało z Rzymu przez kardynała Rampollę błogosławieństwo Ojca Świętego. Dla pozostawienia zaś trwałej pamiątki tego pięknego dnia postanowili, z inicyatywy p. Władysława Lewandowskiego, zebrani członkowie rodzin Lewandowskich, Gnatowskich i Helclów ufundować w budującym się parafialnym kościele w Zakopanem ołtarz, pod wezwaniem św. Jana, w stylu podhalańskim, w jakim wzniesiona jest „Koleba”. 

 

 

[Korespondencye „Słowa”. „Słowo”1894 (27 VIII)].

Idea ta stała się pierwszym impulsem do stworzenia koncepcji wystroju i wyposażenia kościoła w stylu zakopiańskim, a głównym jej propagatorem był twórca stylu zakopiańskiego Stanisław Witkiewicz. W 1894 r. nowy proboszcz zlecił artyście projekt wnętrza obejmujący: drzwi, ołtarze, konfesjonały, ławki i witraże. W latach 1895–1896 wykonano: cztery konfesjonały, ławki oraz drzwi wejściowe. W tym czasie ukończono też ołtarz Matki Boskiej Różańcowej, który ufundowało Bractwo Różańcowe. Już w 1894 r. powstał pierwszy datowany szkic ołtarza wykonany przez Witkiewicza, a projekt został ukończony przez niego do końca roku. Modelowaniem rzeźb do ołtarza zajął się Jan Nalborczyk, nauczyciel rzeźby w c.k. Szkole Fachowej dla Przemysłu Drzewnego. On też wyrzeźbił w drewnie figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz fryz z uskrzydlonych główek aniołków. Wykonanie rzeźb św. Dominika i św. Katarzyny artysta zlecił zapewne zdolniejszym uczniom szkoły. Jak wspominał Wojciech Brzega, trzykrotnie je przerabiano i ostatecznie dokończyli je rzeźbiarze sprowadzeni z Krakowa. Kiejstut Matlakowski pisał po latach:

Dziełem Nalborczyka jest postać Matki Boskiej Różańcowej […], do którego jako model służyła pani Dem-bowska, modelem zaś do św. Dominika, który na klęczkach przyjmuje różaniec, był Witkiewicz. Polichromia figur jest jego roboty. Podobieństwo było uchwycone znakomicie i stało się tematem żartów ze strony przyjaciół Witkiewicza… 

[W. K. MATLAKOWSKI: Stanisław Witkiewicz. „Wiadomości” [Londyn] 1956, nr 560–561, s. 10]

 

 

 

W latach 1896–1897 wykonano wyposażenie kaplicy Matki Boskiej Różańcowej (1896), belkę tęczy, którą w formie sosrębu wyrzeźbił Józef Gąsienica Szostak (1896), dwa konfesjonały, ławki, kute kraty kaplic bocznych, troje drzwi wejściowych oraz sprzęty do zakrystii oraz dwanaście witraży w Krakowskim Zakładzie Witrażów S. G. Żeleńskiego, (1897). W sumie do kościoła wykonano trzydzieści witraży według projektów Stanisława Witkiewicza: dwa duże górne, dwa średnie górne i dwa małe dolne   do prezbiterium, osiem górnych średnich do nawy głównej, osiem mniejszych do naw bocznych, dwa do kaplicy św. Jana Chrzciciela, cztery do kaplicy Matki Bożej Różańcowej oraz dwa do kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego. W 1897 r. ks. Kaszelewski zrezygnował z usług Witkiewicza, który zajmował się od tego czasu wyłącznie realizacją kaplicy św. Jana Chrzciciela.

 

 

 

Zaprojektowany przez Witkiewicza ołtarz do kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego wykonała Szkoła Przemysłu Drzewnego pod kierunkiem ówczesnego dyrektora Edgara Kovátsa. Niestety z pierwotnego zamysłu Witkiewicza niewiele pozostało. Projekty Kovátsa stały się też podstawą wykonania ołtarzy do naw bocznych – św. Antoniego i św. Franciszka, reprezentujące tzw. „sposób zakopański [!]”. 

 

W latach 1897–1899 powstał ołtarz św. Jana Chrzciciela, ufundowany przez Zygmunta Gnatowskiego. Jego wykonawcami byli: Jan Nalborczyk – rzeźbiarz (twórca pięciu figur świętych umieszczonych w szczycie wieńczącym ołtarz oraz uskrzydlonych główek aniołów, tj. dwóch większych umieszczonych pod jego okapem i siedmiu małych znajdujących się na mensie), Józef Gąsienica Kaspruś Stoch   snycerz ornamentalny (autor wszystkich detali ozdobnych i płaskorzeźbionej dekoracji antependium) oraz Kazimierz Sieczka – stolarz (wykonawca konstrukcji stolarskiej ołtarza). Obraz do ołtarza namalował Stanisław Witkiewicz, a wizerunek św. Jana Chrzciciela jest jego jedynym zachowanym autoportretem. Rok później Gnatowski znalazł wykonawcę prac malarskich. Był nim Stanisław Niemczyk i Edward Winiarski. 12 października 1899 r. „Przegląd Zakopiański” donosił:

Obecnie pracują malarze przy malowaniu ścian, polichromii według pomysłu S. Witkiewicza. Ołtarz, chórek i inne przedmioty są na ukończeniu, tak, że w niedługim czasie kaplica będzie gotowa.

[W kaplicy św. Jana Chrzciciela. „Przegląd Zakopiański” R. 1: 1899, nr 11, s. 3]

 

Ławki, konfesjonał i chórek muzyczny są dziełem Józefa Kasprusia Stocha, nakrycie mensy wykonano w pracowni Izabeli Kronhelmowej, zaś kobierzec, leżący na stopniach ołtarza, wyszyli górale według wzorów i pod kierunkiem Zygmunta Gnatowskiego. Na północnej ścianie kaplicy umieszczona została tablica stiukowa z płaskorzeźbionym portretem Zygmunta Gnatowskiego wykonana przez Wojciecha Brzegę. Całość prac ukończono na wiosnę 1900 r., a poświęcenie kaplicy odbyło się 17 maja 1900 r. W połowie lat 90. przeprowadzono remont konserwatorski kaplicy św. Jana Chrzciciela. 

Kościół parafialny pw. Najświętszej Rodziny został wpisany 18 października 2010 r. do rejestru zabytków (A-1232/M), a w 2012 r. rozpoczęto remont konserwatorski elewacji wg projektu Tomasza Gluzińskiego i programu konserwatorskiego Zbigniewa Moździerza.

Wnętrza kościoła należą do unikatowych zastosowań stylu zakopiańskiego w architekturze sakralnej, a kaplica św. Jana Chrzciciela jest mało znanym i niedocenionym dziełem z okresu Narodowego Romanty-zmu.